Çanakkale Deniz Müzesi'nde, Çimenlik Kalesi, Piri Reis Galerisi, Binbaşı Nazmi Bey Resim ve Sergi Salonu, TCG Nusret Müze Gemisi, Uluçalireis Denizaltı Müzesi, Acar Botu gibi açık ve kapalı sergi alanları ile objeler yer alıyor. Müzenin Çimenlik Kalesi bölümü, Piri Reis'in Kitab-ı Bahriye'nin bir bölümünü yazdığı yer olması itibarıyla büyük önem taşıyor. Buradaki sergileme alanında Fatih Sultan Mehmet ile Piri Reis'in balmumu heykeli bulunuyor. Sergide, Çanakkale muharebeleri sırasında yoğun çatışmalar nedeniyle başlarını siperden çıkaramayan askerlere çözüm olması nedeniyle geliştirilen aynalı tüfek periskoplarının bir örneğinin yanı sıra dünyanın en eski silahlarından biri olduğu bilinen ve İtilaf Kuvvetleri adına savaşan Gurkaların ve Hintlilerin kullandığı kukri (bir tür kama) yer alıyor. Atatürk'ün fotoğrafının çekildiği makine de müzede Çanakkale muharebelerinde binbaşı rütbesi ile 1'inci Kolordu Komutanlığına bağlı Kurmay Başkanı olarak görev yapan Haydar Mehmet Alganer tarafından çekilen Mustafa Kemal Atatürk'ün Düztepe'deki fotoğrafı ve fotoğrafın çekildiği makine serginin en önemli eserlerinden. Çanakkale'de görev yaptığı savaşın en yoğun zamanlarında tuttuğu günlüğü çektiği fotoğraflarla destekleyen Alganer'in özellikle 17 Haziran 1915'te ziyaret ettiği 19'uncu Tümen Komutanı Mustafa Kemal ile olan diyaloğu da dikkati çekiyor. Bugün müzede sergilenen fotoğrafta, Atatürk'ün kararlı duruşu ve keskin bakışlarının etkisi hissediliyor. Fotoğraftaki sahne, Atatürk'ün gerçekçi heykeli ile kale içinde tasarlanmış bir canlandırma yardımıyla bir kez daha ziyaretçilerin gözleri önüne seriliyor. Gazilerin kendi sesinden savaş anıları Savaş sırasında İngiliz siperlerinden ele geçirilen şapka ise Çanakkale muharebelerinin önemli tanıklarından. Şapkanın üzerinde Gazi Mustafa Kemal Atatürk'ün el yazısı ile düştüğü bir de not yer alıyor. Sergi alanında balmumu heykelleri bulunan Çanakkale Savaşları gazileri Yenice'nin Akça köyünden Mehmet Oral ve Karabey köyünden İsmail Ovalıçavuş, kendi seslerinden o günleri anlatıyor. Kalenin ikinci katında Emir Çaka Bey'in 1081'de ilk Türk donanmasını oluşturmasından, Cumhuriyet'in ilanına kadar olan sürede Türk deniz tarihinden safhalar aktarılıyor. Türk deniz tarihinin en büyük denizcisi Kaptan-ı Derya Barbaros Hayrettin Paşa'nın ziyaretçiler tarafından daha yakından tanınması için ayrı bir salon bulunuyor. Müfreze Komutanı Binbaşı Nazmi Bey'in yaşananları günü gününe aktardığı dört ajandasında savaşa dair önemli bilgiler yer alıyor. Çanakkale'de muharebelerin şiddetinin ve yoğunluğunun tarifi, döneme ait yazılı kaynaklardan öğreniliyor ancak savaşın şiddeti en yoğun şekilde, 160 milyonda bir kez karşılaşılabilecek havada çarpışan mermi örneklerinden görülebiliyor. Kalede yer alan bu mermilerden iki örnek, camekana yerleştirilen büyüteç aracılığıyla farklı bir açıyla sergileniyor. 18 Mart 1915'te savaşın en ateşli anlarında İngiliz Zırhlısı Kraliçe Elizabeth'ten atılan ve Çimenlik Kalesi'ne isabet eden top mermisi, kalenin dış bahçesinde bulunuyor.